在司法实践中，认定被告人是否“明知”通常需要综合考虑以下因素：
考虑被告人的知识水平、生活经历、教育背景等因素，判断其是否具备理解行为性质和后果的能力。
被告人的供述是判断其是否明知的重要依据。法院会仔细审查被告人的陈述，寻找其是否承认或暗示知道相关事实的线索。
分析被告人的行为模式，例如是否长期从事相关食品销售，是否熟悉市场行情，是否销售明显低于市场价格的食品等，以推断其是否具有明知。
这些因素可以帮助判断被告人是否应当知道所售食品存在安全问题。
如果被告人长期从事相关食品销售，并且熟悉市场行情，知道该食品需要具备的相关的食品安全检验检疫证书，而该食品明显没有相关的安全证书，可以说明行为人可能知道所售食品有毒有害。
如果行为人销售的食品显著低于市场价格，并且无法合理解释低价销售的原因，可以推定行为人明知有毒有害。
例如，被告人是否接触他人犯罪所得及其收益，是否具备自我控制能力等，也会影响对其“明知”程度的认定。
综上所述，认定被告人是否“明知”需要从多个角度进行综合判断，确保判断的准确性和公正性。